根据省委办公厅、省政府办公厅印发的《关于深化市县政府机构改革实施意见》（浙委办〔2004〕53号）和省编委办、省食品药品监督管理局印发的《市县食品药品监督管理局组建工作实施意见》（浙编办〔2004〕81号），在衢州市药品监督管理局基础上组建衢州市食品药品监督管理局，为省食品药品监督管理局直属机构，主管全市药品监督管理工作，综合监督食品、保健品、化妆品安全管理。
一、职责调整
（一）继续承担原市药品监督管理局的职责，即负责对全市药品（包括中药材、中药饮片、中成药、化学原料药及其制剂、抗生素、生化药品、生物制品、诊断药品、放射性药品、麻醉药品、毒性药品、精神药品、药用辅料、医疗器械、卫生材料、医药包装材料等）的研究、生产、流通、使用进行行政监督和技术监督。
（二）增加食品、保健品、化妆品安全管理的综合监督、组织协调和依法组织开展对重大事故查处的职责。
（三）划入卫生部门承担的保健品许可有关职责。
二、主要职责
（一）贯彻执行国家和省有关食品、药品、保健品、化妆品、医疗器械监管工作的法律、法规和规章；制定食品、保健品、化妆品安全管理综合监督政策、工作规划和药品、医疗器械监督管理规范性文件，并监督实施。
（二）依法行使食品、保健品、化妆品安全管理的综合监督职责；组织协调有关监管部门履行食品、保健品、化妆品安全管理职能。
（三）依法组织协调对食品、保健品、化妆品重大安全事故的调查处理工作；组织协调食品、保健品、化妆品安全专项执法监督检查活动；协调配合有关部门开展食品、保健品、化妆品重大安全事故应急救援工作。
（四）综合协调食品、保健品、化妆品安全的监测和评价工作，指导和协调食品、保健品、化妆品安全监测与评价体系建设；会同有关部门制定食品、保健品、化妆品安全信息的分析、预测及发布办法并监督实施，综合有关安全信息并适时向社会发布。
（五）贯彻保健品市场准入标准，负责保健品许可有关工作；监测保健食品广告发布情况。
（六）监督实施药品、药品包装用材料和容器的法定标准，组织实施中药品种保护、药品行政保护制度。
（七）监督实施医疗器械产品法定标准和产品分类管理目录；核发第一类医疗器械产品注册证，监督实施注册产品标准；推行医疗器械质量体系考核，监督实施医疗器械生产经营质量管理规范；实施对医疗器械产品的市场监督。
（八）监督实施药物非临床研究、药品临床试验质量管理规范以及中药材种植、药品生产经营、医疗机构制剂配制质量管理规范；依法核发药品零售企业《药品经营许可证》；受省局委托承办医疗器械、卫生材料等生产和经营企业开办条件的现场审查工作。
（九）监督生产、流通和使用单位的药品、医疗器械质量；监督实施药品分类管理制度和中药材、中药饮片购销规则；监管城乡集贸市场中药材交易；受理违反药品、医疗器械监督管理法律、法规、规章的举报投诉，依法查处违反药品、医疗器械监督管理法律、法规、规章的行为。
（十）依法监管麻醉药品、精神药品、毒性药品、戒毒药品、放射性药品及特种药械；监督实施药品不良反应和医疗器械不良事件监测制度；检查药品、医疗器械广告发布情况。
（十一）负责系统及相关人员教育培训和管理；贯彻实施执业药师资格认定制度；根据省局授权和委托，负责实施医药从业人员职业资格准入制度。
（十二）领导市以下食品药品监督管理机构、监察稽查机构和药品（医疗器械）检验检测机构，实行垂直管理。
（十三）承办上级食品药品监督管理机关交办的其他事项；承担市食品安全委员会的日常工作，以及市政府交办的其他事项。